店店通商家版是提供店店通商家使用的管理软件，拥有两个功能模块：结算模块和商家管理模块。结算模块包括：在线支付、结算、清分、推单、提现等功能，商家管理系统包括：开店、评价管理、财务对账、营销培训、自助推广、管理门店、管理商品库存调整营业信息等。
